El Museo cuenta con una superficie de 4.300 metros cuadrados (3.500 útiles) repartidos en dos niveles. Una planta sótano en la que se encuentran la Sala de Exposiciones Temporales ‘Muñoz Rojas’, en la que se programarán exposiciones vinculadas a la creación artística contemporánea relacionadas con la naturaleza y el paisaje; el Centro de Documentación y Biblioteca Virtual de la Prehistoria de Andalucía ‘Antonio Arribas Palau’; el Aula ‘Luis Siret’ y diversas áreas.

La planta principal, sin embargo, está compuesta por la Sala de Exposición Permanente ‘Antequera Milenaria’, que versará sobre la Prehistoria de las Tierras de Antequera; la Sala de Exposiciones Temporales ‘Gómez-Moreno’, donde se programarán exposiciones sobre proyectos de investigación de la Prehistoria de Andalucía, y el Salón de Actos ‘Manuel de Góngora’.